Всё просто. Открываешь хаммер, вверху тычешь
Tools - Options...
Вылазит окно с кучей вкладок, самая 1-я из которых -
Game Configurations(в ней то мы и делаем привязку хаммера к нашему моду)
Справа от первой строки под названием
Configuration жмём кнопку
Edit. Вылезает окошко со всеми конфигурациями, которые есть для хаммера, в нём справа 3 кнопки, жмём
Add. Вводим что угодно (название твоей конфигурации хаммера для твоего мода, всё-таки). Закрываем окошко, и из выпадающего списка в строке Configuration выбираем только что созданную нами конфигурацию.
Поскольку конфигурация была создана с нуля, то в ней по умолчанию не будет настроек. Расписывать подробно каждую опцуию нет желания, так что прикреплю 2 картиночки, где указал стандартные (ну, почти) настройки для всех конфигураций хаммера.
Уточню ещё, что fgd-файлы, а также все компиляторы лежат в папке bin (которая находится в папке с нужной тебе игрой, да)
https://dl.dropboxusercontent.com/u/37222959/%D0%9D%D0%B0%D1%81%D1%82%D1%80%D0%BE%D0%B5%D1%87%D0%BA%D0%B8%202.png
https://dl.dropboxusercontent.com/u/37222959/%D0%9D%D0%B0%D1%81%D1%82%D1%80%D0%BE%D0%B5%D1%87%D0%BA%D0%B8%201.png